Szczygieł ma czerwone pióra na główce i zakłada gniazda w kolczastych zaroślach. Dlatego w dawnych wiekach uważano go za symbol nałożenia Chrystusowi na głowę korony cierniowej. Jezus przyjmuje ten symboliczny prezent od proroka. Dzieci spoglądają sobie w oczy, a wszystko odbywa się pod opiekuńczym spojrzeniem Maryi. Matka Boża trzyma w ręku otwartą księgę, co oznacza potwierdzenie proroctw Jana Chrzciciela w Piśmie Świętym.

Rafael zasłynął jako malarz niezrównanej piękności Madonn. Najwięcej tych kompozycji powstało podczas pobytu artysty we Florencji. Przedstawiały one motyw z pism apokryficznych (czyli opowiadających o wydarzeniach i postaciach znanych z Biblii, ale nie uznanych przez Kościół za natchnione i w pełni wiarygodne): spotkanie Jezusa i św. Jana Chrzciciela jako małych dzieci, podczas którego Jan Chrzciciel miał rozpoznać w Jezusie Mesjasza. „Madonna ze szczygłem” dodatkowo zapowiada także chrzest Pański: Jan Chrzciciel ma przymocowaną do ubranka miseczkę.

Precyzyjna, pełna harmonii kompozycja obrazu zbudowana została na figurze trójkąta, który tworzą przedstawione na obrazie osoby. Mimo podporządkowania postaci geometrycznemu układowi kompozycja nie sprawia wrażenia sztucznej. Przeciwnie, Maryja i dzieci zachowują się naturalnie, a scena może się kojarzyć ze zwykłą dziecięcą zabawą pod opieką matki. Jedynym atrybutem odróżniającym przedstawione osoby od zwykłej florenckiej rodziny są dyskretne, ledwie widoczne aureole nad ich głowami.

Rafael namalował ten obraz jako prezent ślubny dla swego przyjaciela Lorenza Nasima.